All Media Fixer и правда трэш изрядный (мне ни разу не помог). Правда, я им пытался чинить только в серьезных случаях... Но легкие я и руками выправлю!
Попробуй MP4Box и GUI к нему Yamb. Может обрезать по времени\размеру, причем не только MP4, но и многое другое. Просто отрежь битый конец.
http://yamb.unite-video.com