Или реальность всё время вступала в противоречие с христианством...
Вообще то реальность - слишком сложное понятие, для которого принципиально не может провести границы не только "развивающаяся наука", но и вполне развитая философия. А развитая религиозная философия иногда вообще пишет это слово с большой буквы. Лучше использовать что то более нейтральное, скажем... эмпирическая действительность (ЭД), которой и занимается наука (или думает, что занимается), при небольшом размышлении можно понять, что большинство религий этой области касается только мифологической частью, чаще в области антропогонии или космогонии, христианство начинается не с них, в первых собственно христианских священных текстах нет вообще ничего о ЭД, лишь потом оно заимствует их как раз из иудаизма и греческой философии - где их менее всего. Так, претензии тогдашней науки, в той же мере отнеслись бы и к иудаизму, займи он в то время соответствующее место, и, насколько мне известно, все те положения христианства, на которые велись нападки "научного скептицизма", касались не отвлеченных не полу-философских построений, а на выводы, являющиеся прямым следствием вышеуказанных заимствований.
«Реализм» в области ЭД, означает вывод, имеющий мало общего с действительностью: что содержание опыта (или шире – знания) исчерпывает содержание его предмета. Поэтому развитое научное сознание не должно категорически стоять на своих позициях – эти позиции полностью адекватны действительности только при текущем положении вещей. «Реализм» иудаизма, насколько мне известно, касается только слишком широких «чаяний» и гипотез некоторых религий, факт интересный, но только в мире меж религиозных отношений.