document and settings/твоя_папка/Application Data/Mozilla/Firefox/Profiles/тут_единственная папка которая есть, у всех зовется по-разному что-то типа *****.default/

вот тут лежат два файла bookmarks (bak и html)

а еще в лисе есть такая функция как экспорт и импорт закладок)
может тебе ето и надо?