В IE есть проблемы со вставкой фрагментов HTML, содержащих теги строк/ячеек, т.к. он неявно дополняет фрагмент тегами table/thead/tr, чтобы во фрагменте получилась правильная таблица. А потом корректно вставить то, что получилось, в готовую таблицу он уже не в состоянии. См. статью "Code Karma" одного из бывших разработчиков IE:
http://www.ericvasilik.com/2006_07_01_archive.html