долго искал что-то качественное для обработки ts файлов,у брата на линухе обнаружил замечательную прогу Avidemux,обрезает файлы на ура,правда происходит небольшой рассинхрон звука и картинки,что легко поправляется,можно сохранять файл без конвертации(перед сохранением укажите имя и расширение),также отделяет звук от видео,есть встроенные фильтры.Прога бесплатна
http://avidemux.org/
P.S. не разобрался как наложить логотип,в фильтрах ничего не нашел,а внешних нет, от виртуал даб не идут,если кто что знает обьясните как и что куда