Если ты работешь с файлами через web интерфейс(ну например через CMS), то он воспринимается как отдельный пользователь и изменить права доступа к этим файлам через программу не получится, т.к. у тебя не хватает т.н. привелегий. Изменить права доступа можно тогда через php скрипт запущенный с этого сервера. Т.е. необходимо также через web интерфейс изменить права доступа на 777 и 666. Тогда ты получишь к ним доступ и через программы.