Mixnya,
если окно не системное, то процесс можно определить с помощью Process Explorer -
http://technet.microsoft.com/en-us/s.../bb896653.aspx
надо кликнуть на панели инструментов кнопку с изображением прицела (крест с концентрическими кругами) и не отпуская левую кнопку как бы "перетащить" на надоедливое окно - Process Explorer покажет процесс, ну и далее.