Отформатировать можешь этим -
Paragon Partition Manager
Проблемы будут только при некорректном завершении работы, но при грамотном подходе к вопросу это не смертельно
, и при работе с большими файлами - под FAT32 нельзя создать файл больше 4Гб. В остальном - нормальная файловая система