Заодно стоит прогнать загрузку с BootVis. Это анализатор\оптимизатор загрузки ОС от самой MS.
на сайте MS более недоступен, берем тут:
http://download.chip.eu/ru/download_ru_78360.html
Покажет, после загрузки какого процесса наступает пауза (а значит будет намек, что вырезать из авторана) и позволит слегка ускорить загрузку "вообще".
Для правки Autorun советую Starter.
http://codestuff.mirrorz.com/
P.S. Те же симптомы были с NOD32 третьей версии - оказалось торможением службы Eset HTTP Server из-за кофликтов с WMI.
Переустановка помогла.
http://www.nowa.cc/showpost.php?p=1435013&postcount=407