Совсем не факт, что именно вирь - может быть и аппаратная проблема, и глюки ОС. Или все вместе...
Например: драйвер антивируса перехватывает обращение к диску (и это правильно), а нестабильный контроллер IDE берет и подвешивает всю систему.
Или: нестабильный контроллер IDE дает аппаратные ошибки, драйвер пытается их исправить (у меня такое было), забирает 100% системных ресурсов, на пару с антивирьным монитором перегружает систему и...
Или: конфликт драйвера антивируса\чипсета\дискового контроллера с драйверами StarForce. Или с DaemonTools\Alcohol 120%.
В общем, конфиг бы. Да поподробнее.
На случай, если все же вирь: загрузиться с CD-версии ОС. Тогда вирус точно не сможет пролезть в память
до антивируса и устроить ему темную.
Ну и: руткиты. Они могут сотворить с системой практически что угодно, и хороший руткит антивирус не обнаружит. Для этого нужны специальные программы класса Sysinternals RootkitRevealer и Rootkit Unhooker (бесплатны, к счастью).
Самый радикальный метод - переустановка ОС, конечно же (с удалением и повторным созданием логического диска). Затем установка заведомо чистого софта и проверка на работоспособность.