[MonsieuR]

Возможно была некорректно завершена работа, либо фатальный сбой, либо перебои в электроснабжении, либо еще ряд причин, такие как бэд блок. Попробуйте прогнать chkdsk /r, если не поможет то fixboot.

Еще вариант:
To stop the execution of CHKDSK /F /R, you must edit the registry using Registry
Editor.
To stop the execution of CHKDSK /F /R, take the following steps:
1. Run the Registry Editor(Regedt32.exe).
2. Under the HKEY_LOCAL_MACHINE subtree, go to the following subkey:
\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager
3. Change the BootExecute entry from:
autocheck autochk * /r\DosDevice\C:
To:
autocheck autochk *

Если не поможет, то можно снять метку метку "dirty bit" с диска, для этого: В коммандной строке прописать fsutil dirty query (буква диска):

И некоторые интересности можно узнать здесь -> %windir%\Help\ntcmds.chm